La Comisión Nacional Evaluadora de la Actividad Investigadora (CNEAI) realiza la evaluación de la actividad investigadora de los profesores universitarios y del personal de las escalas científicas de los organismos públicos de investigación de la Administración General del Estado, con el objeto de que les sea reconocido un complemento de productividad (sexenio). Las evaluaciones de la CNEAI se realizarán de conformidad con la normativa aplicable con carácter anual. Para la realización de las evaluaciones, la CNEAI recabará el asesoramiento de los miembros de la comunidad científica a través de comités asesores, por campos científicos.

La Fundación para el Conocimiento Madri+d, cuya competencia hasta el momento era el fomento de la ciencia, la tecnología y la innovación, asume ahora la tarea de evaluación de la calidad de las universidades de la comunidad autónoma, que era la principal función desarrollada por la Agencia de Calidad, Acreditación y Prospectiva (ACAP). Dentro del ámbito de la evaluación de la calidad de la Educación Superior, la misión de la Fundación para el Conocimiento madri+d según sus Estatutos consiste en contribuir a la mejora de la educación superior mediante informes de evaluación y otros conducentes a la acreditación y certificación de la calidad en el ámbito universitario.